Церковь Покрова Божией Матери в селе Покровское-Засекино построена в 1593 г. на вотчинной земле князей Шуйских. С 1638 по 1678 г.г. церковь была уничтожена и церковная земля отдавалась на оброк. В 1678 г. окольничий И. А. Прончищев построил церковь Покрова Божией Матери в селе Покровское.
В 1690 г. село Покровское продано князю М. Ф. Жировому-Засекину. В 1715 г. владельцами села были сыновья М. Ф. Жирового-Засекина, а с 1757 по 1762 г.г. его внук – Ф. Н. Жировой-Засекин, от которых село Покровское получило название Покровское-Засекино. В августе 1770 г. церковь с приделом святителя Николая Чудотворца в этом селе сгорела от удара молнии, а церковная утварь была спасена священником. В 1773 г. вместо сгоревшей, князь Мещерский (племянник Ф. Н. Жирового-Засекина) построил новую деревянную церковь и, по указу Московской Духовной Консистории, она была освящена прежним названием – церковь Покрова Божией Матери с приделом святителя Николая Чудотворца.
Следующая, но уже кирпичная церковь Покрова Божией Матери с приделами святителя Николая Чудотворца и святого благоверного великого князя Александра Невского построена в 1887 г. в усадьбе Покровское-Засекино на средства помещицы Н. Г. Дебриньи и прихожан. Церковь была украшена куполами, крестами, настенной росписью, с богатой церковной утварью. По данным 1910 г. храм оценён вместе с иконостасом в 6500 рублей.
Здание церкви было кирпичным неоштукатуренным на белокаменном цоколе, выполнено в стиле эклектики с использованием форм и элементов декоративного убранства древнерусской архитектуры. Продольно-осевая композиция храма состояла из двусветного четверика с трёхлопастной апсидой, прямоугольной трапезной и колокольни.
В 1932 г. церковь была закрыта и разграблена.
При приспособлении храма под штаб войсковой части здание претерпело большие изменения: утрачены световой барабан с главкой, верхний восьмигранный ярус звона колокольни с шатровым завершением, западная белокаменная лестница; разобраны своды и поддерживающие столбы трапезной. Пространственная структура церкви нарушена междуэтажными перекрытиями и многочисленными перегородками. Трапезная часть храма надстроена вторым этажом.
В настоящее время продолжаются работы по восстановлению храма. Над трапезной частью церкви снесён второй этаж. Храм обрёл купол с крестом. В храме положен мраморный пол и установлен новый иконостас.