Через гонения, забвение и разруху в 1992 г. Спасо-Бородинский монастырь вновь открыл свои двери для всех ищущих спасения. 8 июля 1992 г. в Московской епархии Русской Православной Церкви был подписан Договор о возрождении монашества в монастыре. По этому Договору монашеской общине передали в пользование два келейных корпуса и две башни монастырской ограды. Церковь Спаса Нерукотворного, Владимирский собор и колокольню отдали в совместное пользование с Бородинским музеем.
Уже в августе 1992 г. восемь сестер Коломенского Свято-Троицкого Ново-Голутвина монастыря во главе с монахиней Серафимой (Исаевой) прибыли в Спасо-Бородинский монастырь. Они разместились в неприспособленной для жилья юго-восточной башне. В ней не было удобств, воды и отопления, но вся эта неблагоустроенность переносилась ими со смирением и благодушием.
В первый день своего пребывания, с пением тропаря Господу Богу и Спасу нашему Иисусу Христу: «Пречистому Твоему Образу покланяемся, Благий…», сестры вошли в монастырь, прошли в Спасский храм и молитвенно почтили память павших в 1812 г. воинов и основательницы монастыря игумении Марии. Затем во Владимирском соборе и на могиле преподобной Рахили сестры молились о помощи в возрождении обители.
В монастыре они пребывали всего неделю. Все их силы были направлены на подготовку к первому Богослужению в возрождающейся обители.
16 августа 1992 г. во Владимирском соборе митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий отслужил первую Божественную литургию, на которой возвел монахиню Серафиму (Исаеву) в сан игумении возобновленного Спасо-Бородинского монастыря. Чуть позже в Троице-Сергиевой Лавре Архиепископом Феогностом игумении была передана частица мощей святого святителя Филарета Московского – покровителя монастыря и духовного наставника Основательницы Бородинской обители.
С первых дней в монастыре был установлено строгое выполнение монашеского правила. В 5-30 сестры вставали на полунощницу, пели акафист, читали каноны и вычитывали весь положенный круг богослужений.
Восстанавливая монашеское жительство, насельницы наиболее внимательно отнеслись к возрождению духовных традиций Спасо-Бородинского монастыря, к заветам игумении Марии и святителя Филарета. Для поминовения павших на Бородинском поле воинов и почивших сестер монастыря были составлены синодики. Их имена должны были поминаться за богослужением и во время чтения неусыпаемой псалтири. По традиции, установленной святителем Филаретом и игуменией Марии, чтение синодиков входит в келейное правило и является особой обязанностью каждой сестры.
