16 июня 1895 года назначен настоятелем храма великомученика Димитрия Солунского в городе Руза.
С 14 февраля 1899 года состоял делопроизводителем Рузского отделения Московского епархиального училищного совета, а с 1 сентября 1904 года по 1 сентября 1906 года был законоучителем церковно-приходской школы в Рузе.
Затем состоял наблюдателем церковных школ Рузского уезда с 24 июня 1906 года, помощником председателя Братства Святой Марии Магдалины в городе Рузе с 14 февраля 1907 года.
С 25 марта 1906 года проводил богослужения и вел беседы с заключёнными в Рузском тюремном замке.
Состоял духовным следователем благочиния с 11 ноября 1909 года, помощником благочинного с 1912 года, гласным от духовенства в Рузском земском собрании с 1915 года.
В период с 1916 по 1933 год сведений об отце Иоанне нет. Известно лишь, что в этот период он был назначен благочинным Рузского округа.
8 февраля 1933 года отец Иоанн был арестован по обвинению в создании «контрреволюционной группировки церковников, каковая ставила своей задачей свержение Советской власти».
Набор обвинений о. Иоанну предъявлен довольно стандартный для того времени: агитация против колхозов, недовольство Советской властью, ропот на непосильные налоги и т. п. Однако есть и некоторые отличия. В «контрреволюционную группировку» под названием «Волчье гнездо» входили также священник Алексей Наумов (к сожалению, в материалах допросов не указано его место служения, вероятно, это Покровская церковь), диакон Покровской церкви Николай Наумов, староста Покровской церкви Михайлов Василий Михайлович и активные прихожане Покровской и Дмитровской церквей, вероятно, те самые, которые под руководством о. Иоанна и препятствовали закрытию храмов, причём, столь успешно, что их решили устранить физически.
О. Иоанн, как и другие обвиняемые, на допросах держался мужественно, отстаивая свои религиозные убеждения, о чем свидетельствуют протоколы допросов.
22 апреля 1933 года Тройкой при ПП ОГПУ по Московской области по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР был осуждён на 3 года ссылки в Казахстан этапом через ПП ОГПУ.
По дороге протоиерей Иоанн умер в возрасте 69 лет.
Реабилитация состоялась 1 ноября 1989 года.