Первым, известным нам, владельцем сельца Ильинского, расположенного на речке Рудь (ныне р. Руть) Крапивенского стана Верейского уезда (ныне Наро-Фоминский район, Веселевское сельское поселение, д. Ильинское), являлся Иван Степанович Слепушкин. Само Ильинское известно с конца XVI века, а во владении Слепушкина оно оказалось в 1643 году. Он и построил здесь в 1650 году деревянную церковь. После смерти Ивана Слепушкина село досталось его сыну Никифору, «по разделу с братом его родным Иваном». В отказной книге упоминается «церковь Покрова пречистыя Богородицы да в пределе престол Илья пророк деревяна шатровая». В 1717 году помещику Н. И. Слепушкину поручается (по его челобитной просьбе) строить каменную церковь вместо деревянной: «велено ему в Верейском уезде, в вотчине ево, в селе Ильинском, вместо ветхой деревянной церкви, построить вновь каменную церковь во имя Рождества Христова да в пределех Покрова пресвятыя Богородицы да пророка Илии, пошлин десять алтын, нужнейших одна деньга взято». Постройка храма была завершена предположительно в 1725 году.
Следующим владельцем села стал племянник Никифора Ивановича Слепушкина, Иван Петрович Слепушкин. Он передал Ильинское Марье Степановне Белеутовой, а она в 1795 году продала его Аграфене Семеновне Майоровой. В 1797 году село было куплено у нее Федором Андреевичем Андреевым и продано им Дмитрию Петровичу Смирнову в 1799 году.
Владельцы села заботились о храме, ремонтировали его. В 1809 году вместо прежнего дощатого был сделан пол из каменных плит (т. н. лещадный). В 1821 году в храме были исправлены трещины, крыша. Придел св. пророка Илии сделан теплым, для чего была поставлена капитальная стена (эта перегородка не сохранилась). Тогда Ильинское принадлежало некоему Остафьеву. Известно, что в 1852 году владельцем села был Воейков П. П.
Все три первоначальных иконостаса сохранялись до конца XIX в. Новый иконостас в теплом правом приделе, каменный пол в главном храме и плиточный – в приделах известны по документам 1912 года. Сохранились фотографии, сделанные А. Н. Ильиным в 1912 году: вид кладбища, главного иконостаса и царских дверей придела. Около храма были надгробия над могилами Остафьевых, Воейковых, гранитная часовня над семейным местом Русановых.
В книге "Памятники архитектуры Московской области", изданной в 1975 году, отмечается, что Христорождественский храм в д. Ильинское характеризуется предельной простотой убранства. «Кирпичный храм типа "восьмерик на четверике" с сильно выдвинутой на восток апсидой и двустолпной двухпридельной трапезной во всех частях перекрыт сводами. Переход от четверика храма к восьмерику осуществлен при помощи ступенчатых тромпов. … Грани восьмерика обработаны филенками, окна помещены в прямоугольных впадинах.
Чрезвычайно выразителен облик колокольни, близкой по духу звонницам XVI-XVII вв. Гладкий восьмигранный столп с узкими пролетами "звона" в верхней части поставлен на квадратное основание с мощными угловыми пилонами. Нерасчлененность объемов и почти полное отсутствие декора сообщают архитектуре колокольни суровую сдержанность и монументальность».
В 1930-х годах церковь была закрыта. Алтарная апсида и своды трапезной сохранялись вплоть до середины XX века. После закрытия храм не ремонтировался и постепенно разрушался. До настоящего времени сохранился четверик и в нем деревянный крест, венчающий иконостас, а также колокольня без купола. Алтари и трапезная часть храма разрушены. На территории обнаружено большое количество надгробных плит, очевидно сдвинутых со своих мест, многие из них разбиты, могилы разорены. Пейзажный парк, находившийся к востоку от храма, не сохранился. С запада от церкви – действующее кладбище.
Храм возвращен общине в 2003 году, однако из-за полного отсутствия финансирования реставрационные работы вплоть до июля 2015 года не проводились. В 2015 году удалось подвести грунтовую дорогу непосредственно к храму, расчистить центральную часть территории храма, возвести строительные леса вокруг колокольни, установить над ней временную кровлю.
В настоящее время работы по восстановлению храма и благоустройству территории продолжаются.
