В 1656 года село Воскресенское–Сафатово с окружающими деревнями в вотчину Валдайско-Иверского монастыря купил Патриарх Московский и Всея Руси Никон. Вскоре после этого (вероятно, в 1657 году) в соседней деревне Котельники (Котельниково) была построена деревянная церковь в честь Вознесения Господня с приделами Покрова Пресвятой Богородицы и святого Ильи Пророка в воспоминание о палестинском Елеоне. По этой причине деревня стала именоваться селом Вознесенским.
Храм Вознесения Господня входил в создаваемый патриархом архитектурно-топографический комплекс Русской Палестины. Устав Воскресенского Новоиерусалимского монастыря XVII века свидетельствует о Русской Палестине как о едином церковном организме. Из обители к святым местам, в частности к храму Вознесения совершались крестные ходы.
В 1805 года из-за ветхости в церкви перестали служить и рядом была построена одноименная каменная церковь. Новый соборный храм города имел классические формы: к двускатному прямоугольному главному объему, увенчанному купольной ротондой, с запада примыкали трапезная и колокольня, расположенные по одной оси.
В начале ХХ столетия количество прихожан в разраставшемся городе достигло 2 000 человек и встал вопрос о расширении храма. В марте 1908 года Московская духовная консистория направила в строительное отделение при Московском губернском правлении чертежи и сметы об увеличении Вознесенской церкви с пристройкой новой колокольни. Строительное отделение нашло проект правильным и увеличение церкви разрешило. Автором проекта расширения церкви в неоклассическом стиле был архитектор И.С. Кузнецов.
Судя по сохранившимся фотографиям 1910-х годов церковь Вознесения Господня имела некоторые отличия от предложенного проекта. Прежде всего, это выразилось в надстройке основного четверика еще одним световым ярусом, имевшим со всех сторон усложненные фронтоны. Не по углам, как на проекте, а по сторонам света были поставлены и четыре глухих барабана с главками.
Храм был закрыт после революции. Три служительницы Вознесенского собора: Милица Кувшинова, Екатерина Черкасова и Евдокия Кузьминова, – были расстреляны на Бутовском полигоне. Ныне они прославлены в лике святых новомучеников и исповедников Российских.
В период боев за освобождение Истры в декабре 1941 года храм сильно пострадал от обстрелов, от него мало что осталось. После войны останки собора были разобраны до основания, а на месте храма построен завод "Углемаш".
17 апреля 2005 года митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием была совершена закладка храма-часовни Вознесения Господня. Площадка была выбрана в непосредственной близости от места церкви, построенной Патриархом Никоном. С избранной площадки, равно как и с территории будущего храма-часовни открывается чудесный вид на излучину Истры–Иордана и панораму Воскресенского монастыря.
Настоятель храма-часовни Вознесения Господня священник Лев Любых