Каменная церковь в честь иконы Божией Матери «Казанская» была построена в 1701 году по прошению Сибирского царевича Василия Алексеевича, из известного рода князей Сибирских, вотчиной которого и было данное село с окрестностями. В Патриаршем приказе записано: «Сентября 8 день выдан антиминс в село Брыньково, в построенную церковь Казанская Богородицы. Поп церкви Живоначальныя Троицы в Москве Василий Иванович взял антиминс и расписался».
В 1830 годах село Брыньково и все земли вокруг купила дворянка, коллежская советница Е.А.Шумова. В середине XIX века она построила новую каменную церковь, сохранившуюся до наших дней. Храм имел традиционную продольно-осевую трехчастную композицию – восьмерик на четверике.
В 1850 году сын Шумовой Николай Иванович – гусар и штабс-ротмистр, выделил средства на строительство апсиды храма, двухпридельной трапезной и двухъярусной колокольни. В трапезной были устроены два престола: правый – во имя святителя Николая Чудотворца (освящен 4 июля 1865 года), левый – во имя великомученика Георгия Победоносца (освящен 27 августа 1867 года).
Тогда же в Казанской церкви соорудили иконостас и отлили колокола. В обустройстве иконостаса принимали участие московский мещанин, бывший крестьянин Дмитрий Андреев из деревни Сытьково, прихожане близлежащих деревень и церковный староста.
Большой колокол весом 156 пудов и 15 фунтов был отлит в честь 22-й годовщины отмены крепостного права на пожертвования селян и при участии местных меценатов. На колоколе имелась надпись: «В царствование Государя императора Александра III, при Великопреосвященном Иоанникии митрополите Московском, при служении священника Иоанна Иоанновича Смирнова – в память 19 февраля 1883 г.». Помимо главного отлили полиелейный колокол весом в 42 пуда и 29 фунтов, будничный и сторожевой (по 15 пудов и 35 фунтов), а также 4 маленьких.
Перед оштукатуренным зданием церкви с белокаменным цоколем и кирпичным декором имелась большая лужайка, которая служила естественным ландшафтом, подчеркивающим значимость и величественность храма, его ослепительную белизну. Рядом находились строения священнослужителей, а неподалеку – земская школа, которую посещали местные дети, около 100 человек.
С северо-восточной стороны на церковной стене имелась надпись: «В 1740 году сентября 16 дня на память великомученицы Евфимии преставилася раба Божия княгиня Евдокия Герасимовна Сибирская – жития ея от роду было 51 год и погребена на сем месте». Впоследствии эта надпись была утрачена.
Активное участие в устройстве церкви принимали московский мещанин, бывший крестьянин князей Грузинских Дмитрий Андреев, церковный староста В.А.Новиков, помещик-дворянин Н.И.Шумов, который с 1848 по 1863 годы был ктитором Казанского храма.
После Шумовых, Брыньково переходило к разным владельцам: Гилярову-Платонову, Чуеву, Панкратову, Фирсановой (Гонецкой), Панкратову фон Штейну. Каждый из них вносил свою лепту в благоустройство церкви.
Ежегодно весною по святой Пасхе в 6-е воскресенье совершался крестный ход за три версты от Казанской церкви села Брыньково в церковь Николая Чудотворца в село Кувшиново (до наших времен не сохранилось). Также ежегодно в 9-ю пятницу по святой Пасхе после литургии совершался крестный ход вокруг села. Причина установления крестного хода не установлена.
В храме была очень почитаемая икона Божией Матери «Нечаянная радость». Оклад ее был серебро-позолоченный, отделанный жемчугом. Риза сооружена на средства купца Степана Егоровича Новикова и крестьянина Можайского уезда Якова Михайловича Михеева. После революции эта икона была утрачена.
Казанский храм закрыли безбожные власти в 1930-е годы. Его использовали под складские помещения. После того как склад перевели в другое место, церковь долгое время оставалась в запустении, что привело ее в аварийное состояние. Разрушились главы и колокольня, полы и убранство интерьера. Частично сохранилась настенная живопись.
В 1960 году церковь взята под охрану государства как памятник архитектуры местного значения.
В 1998 году церковь вернули верующим. К тому времени от первоначального здания уцелела лишь центральная часть, из декоративного убранства – колонны на кронштейнах и карнизы. Обрамления окон и порталов были утрачены при расширении проемов в середине XIX века.
Православная община вновь образовалась в 1998 году. Силами прихожан были вставлены окна и покрыта нижняя кровля церкви.
В 2005 году настоятелем храма по совместительству был назначен священник Артемий Андреев. К церкви провели электричество, Никольский придел обустроили для богослужений. Был сооружен временный иконостас, настелен деревянный пол. Дважды в месяц стали проводиться богослужения.
В 2008 году в рамках федеральной целевой программы «Культура России» в Казанской церкви проведены первоочередные противоаварийные работы. Была устроена временная кровля на своде храма и колокольне. В том же году отреставрированы цоколь и белокаменные колонны алтарной части, а также утраченная часть свода в Никольском приделе.
В 2015 настоятелем храма назначен протоиерей Николай Лакоза. В этом же году службы стали проходить в главном приделе Казанской иконы Божией Матери.
28 августа 2016 года, в день Успения Пресвятой Владычицы нашей Богородицы и Приснодевы Марии, уроженкой г. Рузы Милиной Лидией Ермолаевной, в храм была возвращена икона пророка Даниила. Эта икона святого, была запечатлена на видео из немецкого архива 1941 года.
На средства благотворителя И.В Дзудзило была написана местночтимая икона Божией Матери «Нечаянная радость» и подарена храму 4 ноября 2016 года. А в 2017 году отлиты восемь новых колоколов и освящены 4 июня этого же года.
Весной 2017 года настоятелем храма были начаты работы по восстановлению источника возле храма. По данным исторической записи об источнике в Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона имеется запись об источнике за 1889 год: "Брыньково (Богородское тож.) – село Московской губ., Рузского уезда, в 1 вер. От Рузы. Замечательно железистыми минеральными водами. Источник находится в 25 сажнях от села, глубина 1 сажень, длинна 11/2 сажени; заключает небольшое количество углекислоты, железной окиси, углекислой и серно-кислой извести, серно-кислой магнезии. Температура его +5ºР. Полезен в атонических болезнях. Число жит. в Брынькове – 206д. об. пола (1889), 39 дворов; православная церковь, школа, постоялый двор."
По губернаторской программе «Родники Подмосковья» и при содействии Администрации Рузского городского округа Московской области, осенью 2017 года была начата работа по восстановлению источника. Возле источника сооружена купель из лиственницы. Освящен источник 19 января 2018 год в честь иконы Божией Матери «Живоносный источник».
27 мая 2018 года, в день Святой Троицы после Божественной Литургии, состоялся крестный ход к источнику «Живоностный Источник» и был установлен и освящен Поклонный Крест.
С 14 июля 2020 года по благословению Его Высокопреосвященства Высокопеосвященнейшего Ювеналия, митрополита Крутицкого и Коломенского в храме временно приостановлены богослужения из-за аварийного состояния храма после стихийного бедствия в г. Руза.