Дворцовое село Павшино на Москве-реке впервые упоминается в 1462 г. в духовной грамоте великого князя Московского Василия Темного. В нем издавна стояла деревянная Никольская церковь, на месте которой в 1817-1821 гг. построили ныне существующую каменную церковь с приделом во имя пророка Илии. Трапезная перестроена в 1881 г.
В середине 19 века началась эпидемия холеры, большая беда пришла и в Павшино. Прихожане взяли Боголюбскую икону Божией Матери и прошли с ней крестным ходом вокруг села. И случилось чудо - болезнь отступила. В честь этого события в 1866-1873 гг. рядом с Никольским храмом построили каменную трехпрестольную церковь в честь Боголюбской иконы Божией Матери (приделы пророка Божия Илии и великомученика Георгия Победоносца).
В 1920 году Никольская церковь закрывается и в ней размещается Красногорский металлический завод: внутри устраиваются дополнительные этажи и перегородки, живописные поверхности заштукатуривают и закрашивают. Искажается эстетическая и пространственная составляющая комплекса. Его стали использовать не в религиозных целях.
За советские годы был уничтожен находившийся в храме иконостас конца XVII века из Зачатьевского монастыря, разрушены верхние ярусы колокольни.
Однако Боголюбская церковь ни разу не закрывалась со времени своего возведения.
В 1980 году зданию Никольского храма присваивается статус объекта культурного наследия.
3 ноября 2003 года оно передается в пользование Местной православной организации прихода Никольского храма г.Красногорска Московской области, Русской Православной церкви.
22 мая 2013 в Никольском храме г.Красногорска (микрорайон Павшино) была отслужена первая после закрытия в годы гонений Божественная Литургия. Работ по приведению церкви в достойный вид ещё предстоит очень много, но для богослужения она теперь восстановлена.
