По известным документам с 1448 года упоминаются два поселения - Оксиньинское и Николы на Песку с одноименной церковью. До середины ХVII века Оксиньино называлось селом, сельцом или деревней. В старину так называли вотчинное поселение с усадьбой владельца и без церкви. Только с ХVII века селом стали считать поселение с церковью.
Вышеприведенные упоминания о «своей отчине с церковью святым Николаю» и «Никола на Песку» относятся к погосту Николы, что на Песку. Согласно известным историческим сведениям, новую деревянную церковь во имя святителя Николая могли поставить между 1627 - 1629 годами в селе Оксиньинском. К середине XVIII века в селе, название которого стали писать как Аксиньино, насчитывалось 38 дворов. Общее число прихожан превышало 350 человек. Храм обветшал и не соответствовал нуждам прихода. Церковный староста Филипп Кондратьев в 1762 году от имени настоятеля храма отца Николая Андреева и прихожан подал прошение в Звенигородское Духовное правление о возведении нового храма на месте ветхого. Разрешение было получено, и к ноябрю 1763 года поставили новый деревянный храм на каменном фундаменте. Известно, что он был с одним престолом, одноглавый, вытянут в длину, с примыкающей колокольней, на которой находилось три колокола. Кровлю покрыли железом и окрасили. Согласно более поздней описи 1821 года в церкви возвели невысокий двухъярусный иконостас, окрашенный в голубой цвет с вызолоченными декоративными накладками, в котором «...местныя образа. Над царскими дверями образ Всемилостливаго Спаса, на нем пять венцов медныя высеребряны. Образ Распятие Господне, на нем венец медный. Образ по правую сторону царских врат Всемилостливый Спас на нем венец медный посеребренный. На левой стороне образ Смоленской Божией Матери с Предвечным Младенцем, венец медный посеребренный. На правом клиросе образ Николая Чудотворца, на нем венец медный посеребренный. На левом клиросе образ Алексея Божия человека. Еще образ Иоанна Спасителевы лествицы, еще образ Смоленской Божией Матери, образ Распятия Господня, образ Воскресения Господня с двенадесятыми праздниками и в нем образ Смоленской Божией Матери, образ Жен Мироносиц, образ Димитрия Ростовскаго, образ Николая Чудотворца, образ Спасителев, на нем венец медный. Разных образов десять, святцы двенадцати месяцев». Село и приход быстро разрастались. К 1853 году в Аксиньино насчитывалось уже 88 дворов с 660 жителями. В целом к приходу относилось 144 двора с более чем 1100 прихожанами. Для такого количества верующих храм стал тесен. К тому же за столетие он успел обветшать. Река из года в год подмывала высокий берег. Из-за близости обрыва и оползней Московскую дорогу перенесли за крестьянские дома и огороды. Древние захоронения около церкви начали сползать в реку. Храму грозило разрушение.
Уже в 1848 году начали собирать пожертвования на новый храм, но они были незначительны. К началу шестидесятых годов удалось собрать только 2700 рублей серебром. Несмотря на это, в 1861 году от имени настоятеля храма отца Андрея Ламского и прихожан было послано прошение в Московскую Духовную консисторию о возведении каменной церкви. Был представлен и проект нового храма. Предусматривалось возведение каменного одноглавого храма с обширной трапезной, шатровой колокольней над притвором, а также каменной оградой.
В октябре того же года проект был одобрен консисторией и Московской губернской строительной и дорожной комиссией. Наиболее вероятно, что проект был разработан архитектором Василием Осиповичем Грудзиным, служившим при Московской Палате Государственных Имуществ, т.е. ведомстве, которому принадлежало село Аксиньино. Архитектор В. О. Грудзин построил много церквей, часовен и общественных зданий в Звенигородском уезде. Стиль, сдержанность и графичность форм и деталей храма соответствуют другим проектам архитектора. Новый храм для безопасности решили поставить подальше от берега реки, примерно на том месте, где прежде стоял дом пономаря, рядом с проездом, ведущим к Большой Московской дороге.
Собранных средств и поступавших пожертвований было недостаточно. Пришлось на время отложить закладку нового храма. Но в 1865 отец Андрей Ламский, несмотря на явную нехватку денег, решился начать строительство, надеясь на помощь Божию. Торжественную закладку храма совершили 25 мая 1865 года по старому стилю по благословению святителя Филарета (1782-1867 гг.), митрополита Московского и Коломенского.
Подряд на строительство получил каменных дел мастер Борис Савватиев Раев, крестьянин села Городок Владимирской губернии. Возведение стен и сводов завершили в 1867 году. Но поскольку вся собранная сумма была истрачена, в 1868 году пришлось объявить дополнительный сбор пожертвований. На просьбы о помощи откликнулся действительный статский советник, потомственный гражданин и староста соседней церкви святых Апостолов Петра и Павла села Лужки Павел Григорьевич Цуриков. Он был владельцем фабрики, находившейся рядом с селом Лужки, помогал не только своему храму, но и другим церквам уезда. Именно он пожертвовал средства на возведение скита над пещерой преподобного Саввы Сторожевского, подвижника Божия и ученика преподобного Сергия Радонежского, близ Саввина монастыря. Благодаря содействию П.Г. Цурикова храм был достроен к 1869 году. Крестьяне прихода не могли помогать деньгами, поэтому они взяли на себя то, что им было посильно - доставку на подводах строительных материалов. Привезенный кирпич обжигали непосредственно на месте строительства.
Храм получился стройным, пропорциональным, с четкими архитектурными деталями в традициях русского церковного зодчества XVII века. Он был однокупольный, с полукруглой апсидой, с широкой и просторной трапезной, восьмигранной колокольней с одним ярусом звона и шатровым завершением. Крытые железом кровли, вероятно, были окрашены в зеленый цвет. Купола над храмом и колокольней засияли позолотой, их венчали ажурные золоченые кресты. Внутреннюю отделку окончили в 1869 году уже при священнике Михаиле Беляеве. Северный придел трапезной устроили во имя святителя Николая Мирликийского, южный придел - во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Трехъярусные иконостасы приделов в русском национальном стиле с элементами готики выполнил московский мастер Иван Андреевич Соколов. Архитектуру существовавших иконостасов можно представить по сохранившимся деталям деревянного тамбура трапезной. Вечером 22 августа 1870 года, накануне освящения храма, освятили и подняли на колокольню подаренный П. Г. Цуриковым колокол, который и возвестил начало всенощного бдения. Специально был приглашен хор певчих, который отличался, по отзывам участников события, высоким уровнем исполнения.
Утром 23 августа Ивановским благочинным отцом Т. Н. Волхонским было совершено освящение придела во имя святителя Николая Чудотворца. Перед поздней литургией игумен Саввино-Сторожевского монастыря отец Галактион освятил придел во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Благодарные прихожане поднесли П.Г. Цурикову икону святителя Николая Чудотворца. Вечером храм по основному контуру иллюминировали огнями, что в те времена было большой редкостью. Это событие вызвало всеобщее восхищение.
При содействии П. Г. Цурикова в 1874 году завершили отделку главного придела церкви и установили там высокий иконостас, исполненный в московской мастерской Николая Алексеевича Охалнина. Престол во имя Живоначальной святой Троицы освящал 30 июня 1874 года игумен Саввино-Сторожевского монастыря Галактион. Богослужение сопровождал приглашенный П. Г. Цуриковым хор певчих из церкви святой Троицы села Троицкого. Прихожане вновь преподнесли благотворителю святую икону.
Из старого храма перенесли на новую колокольню еще три колокола, утварь и святые иконы. Обветшавшую церковь разобрали в 1876 году и тогда же подали в Московскую Духовную консисторию прошение о желании отметить веками намоленное место старого храма и древнее кладбище небольшой часовней. В 1879 году был утвержден проект деревянной часовни на каменном фундаменте архитектора В.О. Грудзина.
Часовня имела восьмигранную форму и шатровое завершение. Ее поставили примерно в четырнадцати метрах от обрыва берега реки вблизи здания волостного правления. Дома причта перенесли к новой церкви. В 1867 году в селе открыли земское сельское училище Министерства Народного Просвещения, закон Божий в котором преподавал отец Михаил Соколов. В 1901 году рядом с церковью открыли церковно-приходскую школу. По-видимому, она размещалась в сгоревшем недавно доме вблизи колокольни. При волостном правлении была создана Пушкинская библиотека. В 1908 году в бывшем сельце, а тогда уже деревне, Липки учредили земское училище. Учителями Закона Божьего в этих начальных учебных заведениях были священники церкви Николая Чудотворца: отец Иоанн Беляев и сменивший его священномученик отец Георгий Колоколов. При отце Георгии храм отремонтировали, покрыли полы метлахской плиткой и расписали стены. В 1913 году осушили обширное болото за селом и дорогу на Звенигород проложили через Николину гору с поворотом от кладбища к селу, которое к началу ХХ века разрослось - в нем проживало около 700 жителей.
Веками создававшийся уклад сельской и приходской жизни был разрушен революцией. После издания в 1918 году декрета ВЦИК и СНК «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» священника Георгия Колоколова отстранили от преподавания в связи с передачей учебных заведений государству. Все церковное имущество, включая сам храм, было описано. Священно и церковнослужителей превратили в наемных служащих. В архивах сохранились сведения о регистрации общины при храме вплоть до 1928 года. Тяжел был путь последнего настоятеля храма священномученика отца Георгия Иосифовича Колоколова (1876 - 1937 гг.). Его рукоположили и назначили в храм Николая Чудотворца еще в 1904 году. Он был законоучителем во всех учебных заведениях прихода, состоял членом местного отделения Кирилло-Мефодиевскоro братства. Это был ревнитель духовного просвещения. Невзирая на притеснения, он продолжал служение после революции. В 1924 году отец Георгий был отмечен правом ношения наперсного креста. В 1927 году он был возведен в сан протоиерея, а тремя годами позже награжден палицей. 1931 год стал началом крестного пути протоиерея Георгия. В этом году его арестовали первый раз и приговорили к пяти годам заключения.
Год он пробыл на каторжных работах на строительстве Беломоро-Балтийского канала, а затем находился в одном из Соловецких лагерей. После освобождения в 1933 году он вновь вернулся к священнослужению, хотя тогда само пребывание в сане священника было опасным. Он был назначен настоятелем церкви великомученицы Параскевы Пятницы села Туголес Шатурского района.
В 1934 году за усердие в служении протоиерей Георгий был отмечен наперсным крестом с украшениями, а в 1935 году правом ношения митры. В 1937 году он был вновь арестован по ложному обвинению и 9 декабря был расстрелян в Бутово, где, вероятно, был погребен в общем рву на окраине местного кладбища. Прославление многочисленных священномучеников, принявших смерть в Бутово, состоялось В 2000 году на юбилейном архиерейском соборе. В 2001 году в присутствии Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексея II, митрополитов, архиепископов, священнослужителей большинства московских церквей в Бутово был заложен храм в честь российских новомучеников. Протоиерей Георгий причислен к лику священномучеников и поминается 26 ноября (9 декабря) вместе с арестованными и погибшим и тогда же членами причта церкви великомученицы Параскевы протоиереем Назарием Грибковым и псаломщиком Петром Царапкиным. В воскресение, ближайшее к 25 января, православная церковь празднует Собор новомучеников и исповедников Российских.
«Земля русская небо земное бысть: / в своих разселинах телеса, новомучеников и исповедников сокрывши и тех небесною славою просиявши. / иже своими кровьми оросиша ю /, пострадавше от слуг сатанинских за веру Христову / во искупление грехов богоотступления». (Стихиры на Малой вечерни. Слава, глас 8).
«Величаем тя, святый мучениче Георгие, и чтим честная страдания твоя, яже за Христа претерпел еси». (Величание).
Во время Великой Отечественной войны село Аксиньино находилось в непосредственной близости от линии фронта. Осколок снаряда повредил купол храма и своды северного придела. Позже была утрачена каменная ограда. Иконы, церковная утварь были разворованы. Колокола, по всей видимости, реквизировали - государству требовалась медь. Здание храма длительное время использовали под совхозный склад, не ремонтировали, и оно продолжало медленно разрушаться. Храм оставался в запустении до конца ХХ столетия. В 90-х годах в России начались перемены. Люди вновь обратились к вере и потянулись в церковь. В 1990 году жители села Аксиньино и дачного поселка Николина гора создали православную общину, которой было передано полуразрушенное здание храма. Настоятелем был назначен священник Алексий Гостев. Летом того же года состоялись первые богослужения. Милостию Божией и стараниями отца настоятеля, прихожан и благотворителей началось возрождение храма.
В 1991 году был установлен временный иконостас. Затем постепенно, год за годом, была восстановлена колокольня, кровля и стены храма, поставлены вызолоченные кресты и подняты новые колокола.
Было пожертвовано много старинных икон. В 1999 году в трапезной храма установили два трехъярусных иконостаса: к Пасхе - в северном приделе и к Покрову - в южном приделе в честь Покрова Богородицы, а к Рождеству Христову возвели высокий пятиярусный иконостас в главном приделе. Иконостасы, как и рядом стоящие киоты с прекрасными храмовыми иконами, выполнили палехские мастера в традиционном русском стиле, что позволило создать созвучный храму образ. Все работы по восстановлению и благоукрашению храма были сделаны за счет благотворительных пожертвований. В 1997 году была возведена каменная часовня на кладбище. 30 июля 2000 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий совершил освящение главного престола во имя Святителя Николая Мирликийского.
В 2002 году на наружной стене апсиды известный художник А. Корноухов выполнил мозаичную икону Николая Чудотворца. А три года спустя мастера школы Троице-Сергиевой Лавры сделали росписи стен и сводов алтаря.